温州市洞头区人民检察院筹建于1954年8月，1955年5月23日正式建立，并对外办公，隶属温州地区检察分院管辖。1958年7月洞头撤销县制，并入玉环县，洞头县人民检察院也随之撤销。1959年，洞头划归温州市，设洞头工委和洞头办事处，温州市人民检察院在洞头设工作组。1965年3月，洞头恢复县制，县人民检察院同时恢复，隶属温州地区检察院分院管辖。“文化大革命”中，“公检法”被“砸烂”，自1969年起，人民检察院先后由“公安机关革管组”和“县革委会人保组”所取代。1973年，县公安局设预审察股，行使部分检察职权。粉碎“四人帮”之后，根据宪法规定，洞头县人民检察院于1979年8月1日重新建立，暂借县材料组一间20平方米的办公室，正式对外办公。

　　自重建以来历经多次搬迁，基础设施始终处于落后状态，阻碍检察事业的发展。在上级院、县委的高度重视和全体干警的不懈努力下，于2007年9月正式开工“两房”建设，坚持“高点定位、高标建设、高效应用”的方针和原则，严格执行高检院提出的自动化、现代化、智能化、信息化的标准要求设计建设，确保新建大楼设施先进，功能齐全，20年内不落后。2009年1月完成任务，并投入使用。2015年9月，洞头正式撤县设区，随之，温州市洞头区人民检察院也正式挂牌。2017年，洞头区人民检察院全力支持和配合监察体制改革，顺利完成职务犯罪侦查和预防职能、机构、人员转隶工作，实现员额检察官、检察辅助人员、司法行政人员三类人员分类定岗。同时，落实内设机构改革要求，优化检力资源，整合成5个内设部门。全院现有行政编制42人，事业编制2人；实有公务员36人，事业编制人员2人。